En 2022, alors qu'il a bâti sa propre entreprise, la Cranston Technologies, Billy expérimente une façon de faire revenir Zordon à la vie. Dans les sous-sols de son bâtiment, accompagné du robot Alpha 8, Billy est sur le point de découvrir si sa théorie était juste... mais l'expérience tourne mal ! L'esprit maléfique de la terrible sorcière Rita Repulsa en profite pour se matérialiser physiquement en fusionnant avec le corps robotique d'Alpha 8.

Dos au mur, Billy parvient à faire sortir Rita, désormais connue sous le nom de Robo Rita, et fait appel à ses amis pour combattre ses soldats, les Patrouilleurs. Jason, Tommy, Kim, Zack et Trini débarquent en un instant mais les choses ne se passent pas comme prévu : Robo Rita déclenche un sort mortel sur le Ranger Bleu. Alors Trini s'interpose et est vaporisée à tout jamais, laissant Minh, sa jeune adolescente, orpheline...

Robo Rita part se cacher dans la Dimension Obscure alors que Zack laisse sa place au Congrès pour s'occuper de Minh, en s'installant chez Kwan. De son côté, Billy porte le poids de la culpabilité.

Un an plus tard, alors qu'ils se rassemblent autour de la tombe de Trini, les Rangers sont attaqués par Robo Rita et deux anciens monstres qu'elle a reforgées : Robo Minotaure et Robo Snizzard. Grâce à ses nouveaux pouvoirs, ce dernier est capable de capturer et miniaturiser Jason, Tommy et Kim. Les trois Rangers sont utilisés pour alimenter la nouvelle machine de Robo Rita.

Seuls Billy et Zack, ainsi que Minh, parviennent à s'échapper et se rendent chez les Kwan pour faire le point sur la situation. Minh est assoiffée de vengeance, et veut immédiatement repartir combattre Robo Rita. Mais, Zack et Billy l'en dissuadent et se rendent au Centre de commandes, désormais habité par le robot Alpha 9.

Alors que Robo Rita s'installe dans son ancien Palais Lunaire, elle lance une attaque mondiale en envoyant ses Patrouilleurs dans plusieurs villes autour du globe. Alpha 9 déclenche alors le Protocole Bandora, une sorte d'appel d'urgence pour toutes les équipes de Rangers dans le monde.

L'appel rassemble Kat et Rocky au Centre de commandes, afin qu'ils prennent la place de Kim et Jason sous les costumes des Rangers Rose et Rouge. Pour cela, Billy et Alpha 9 ont mis au point des Médaillons Alternatifs - qui, bien que dangereux, leur permettant une connexion avec le Réseau de Transmutation.

Toute l'équipe part affronter les Patrouilleurs ainsi que Robo Minotaure et Robo Snizzard. En survaillant le combat, Alpha 9 découvre que Robo Minotaure dispose de nouveaux pouvoirs lui aussi : il est capable de détecter une modification du Réseau de Transmutation. Ainsi dès qu'un Ranger transmute, il sait où il est. Ainsi, Robo Rita parvient à capturer plusieurs Rangers de différentes équipes pour alimenter sa machine.

Après avoir protégé les habitants d'Angel Grove, les Rangers rentrent au Centre de commandes où ils sont contactés par Aisha et Adam, qui font désormais partie de la SPA, une branche cousine de la SPD. Les deux anciens Rangers sont coincés dans la Galaxie de Sirius, et ne peuvent se rendre sur Terre dans l'immédiat.

Billy, Kat et Rocky échafaudent un plan pour mettre Robo Minotaure et Robo Snizzard hors d'état de nuire, mais sans les détruire. Minh, tout juste sauvée des griffes des Patrouilleurs par Zack et Rocky, ne comprend pas ce concept. Alors quand toute l'équipe part sur la Lune, elle vole le Transmutateur de sa mère et part affronter les deux monstres. Elle se retrouve face à Robo Rita, qui la capture après avoir libéré son armée.

Au Palais Lunaire, les Rangers découvrent la Machine à remonter dans le temps de Robo Rita. Ils comprennent son plan : revenir à l'instant où les astronautes l'ont libérée de la Poubelle Spatiale pour lui donner toutes les informations sur le futur. Ainsi, elle pourrait détruire Jason, Zack, Trini, Kim et Billy avant que Zordon ne leur donne des pouvoirs.

Leur exploration est interrompue par l'arrivée de Robo Rita et de ses monstres. Les deux équipes se combattent, et Robo Rita utilise à nouveau un sort mortel contre Billy. Cette fois-ci, c'est Minh qui s'interpose... mais elle n'est pas vaporisée. Le Transmutateur de Trini réagit à l'attaque et s'imprègne en Minh. Celle-ci peut désormais l'utiliser pour transmuter et devenir la nouvelle Ranger Jaune.

Pendant que Rocky, Kat et Zack s'en prennent à Robo Minotaure, Billy et Minh prennent les commandes du Megazord pour affronter Robo Snizzard géant. Après la destruction de Robo Minotaure, toute l'équipe se rassemble dans le cockpit et élimine Robo Snizzard.

Mais la Machine de Robo Rita se déclenche, et son plan est sur le point de fonctionner. Alors les Rangers reviennent rapidement au Palais Lunaire. Kat utilise son Arc Laser pour détruire la Machine et Zack pulvérise Robo Rita avec sa Hache Sonique.

De retour au Centre de commandes, Aisha et Adam viennent d'arriver. Ils vont prendre en charge les Rangers miniaturisés pour les conduire sur Aquitar afin qu'ils soient soignés. Aisha en profite pour accueillir chaleureusement Minh au sein de l'équipe des Rangers, et particulièrement parmi celles qui partagent le pouvoir du Smilodon.

Minh, Zack et Billy terminent la journée à la Maison des Jeunes où ils se racontent des anecdotes sur Trini. Billy en profite pour prévenir ses amis qu'il va repartir voyager dans l'espace dans l'espoir de ramener Zordon.