Après la libération du Seigneur Zedd par Bajillia Naire, la présidente de Calamar & Cie - l'entreprise qui possède le plus d'armes destructrices de la galaxie, celui-ci fait alliance avec elle pour mener une gigantesque Guerre Intergalactique.

Ramené à la vie par les Maîtres Légendaires, Zayto rassemble son ancienne équipe pour se rendre sur Zordnia, afin d'arrêter le Seigneur Zedd. Ils se battent aux côtés des Maîtres Légendaires, ainsi que de Billy, le Ranger Bleu, et de Mick, dont les pouvoirs du Ranger Rouge Ninja Steel ont été réactivés.

Malheureusement, Ollie est empoisonné par le Seigneur Zedd, et rejoint ses rangs. Il ouvre une Passerelle Cosmique dans laquelle est poussé Zayto qui atterrit sur la planète Levvina.

Puis, les Maîtres Légendaires sont capturés par la nouvelle invention de Scrozzle, qui travaille pour Calamar & Cie. Dos au mur, les Rangers n'ont pas d'autre choix que de fuir. Ils retrouvent l'Autel de Zordnia, que Javi active à l'aide du Bâton que le Maître Rouge lui a laissé avant d'être absorbé. Les Rangers gagnent des Zords Cosmic Fury, mais Javi perd son bras face à la puissance de l'Autel.

Les Rangers refusent d'abandonner leur ami, Ollie, notamment Amélia. Avec l'aide de Lani, la mère d'Ollie, elles cherchent des solutions pour annuler les effets du poison. Elles veulent utiliser la Grille pour le purger, mais le Seigneur Zedd intervient et détruit les Statues de Dinohenge.

Sans pouvoir, les Rangers activent le protocole d'urgence de la base et sont téléportés sur Erridus, la planète habitable la plus lointaine. Ils ont avec eux une passagère clandestine : Fern, sauvée in extremis par Javi juste avant l'attaque du Seigneur Zedd.

En l'absence des Rangers, le Seigneur Zedd parvient à conquérir la Terre. Il construit des prisons dans chaque grande ville pour y enfermer civils et Rangers. Il met également en place un champs anti-Zords autour de la Terre pour empêcher les Rangers d'utiliser leurs robots.

Pendant ce temps, Billy construit de nouveaux Morphers et parvient à se connecter à la Grille à l'aide du Bâton du Maître Rouge. Il offre ainsi aux Rangers de nouveaux pouvoirs Cosmic Fury, qui transforment Amélia en Ranger Rouge, détectant en elle l'âme d'une leader.

Prévenus par Mick, les Rangers se rendent sur Levvina où ils affrontent Ollie, lui aussi dôté de nouveaux pouvoirs grâce à l'intervention de Scrozzle. Les Rangers retrouvent Zayto, qui peut se transformer en Zenith Ranger - Zenith étant le nom que lui ont donné les Maîtres Légendaires lorsqu'ils l'ont ramené à la vie.

Les Rangers s'infiltrent dans les mines de la planète Akraal pour libérer le Zord Dragon Cosmique. Mais, Ollie en profite pour y placer une balise afin de suivre leur trace. Ainsi, il se rend sur la planète Erridus avec un monstre dans l'espoir de détruire les Rangers.

Après quelques jours de travail, Billy et Solon sont parvenus à transformer la base en Croiseur Cosmique. Mais, au moment de faire les derniers tests, Solon est capturée par des Vers Scorpions. Alors que toute l'équipe est occupée, Fern s'empare du dernier Morpher Cosmic Fury et libère Solon. Cela déclenche l'Orbe Cosmique et permet à Fern de se transformer en Ranger Cosmic Fury Orange.

Maintenant que le Croiseur Cosmique fonctionne, les Rangers rentrent sur Terre. Tarrick, figure principale de la Résistance sur Terre, a placé un espion, qui n'est autre qu'Heckyl, le Dino Charge Ranger Obscur, dans les rangs des méchants. Mais, celui-ci est découvert et fait prisionnier, avant de pouvoir abaisser le champs anti-Zords. A leur arrivée sur Terre, les Zords des Rangers se dérèglent. Ils sont alors fait prisonniers à leur tour, à l'exception de Zayto et Aiyon.

Alors que Zayto utilise une nouvelle fois la magie pour protéger les Zords, il s'évanouit. Il n'a pas d'autre choix que d'expliquer à Aiyon et Solon que son temps sur Terre est compté. Plus il utilise la magie, plus il disparaît.

Avec l'aide de la Grille Battleforce, Aiyon utilise leurs Téléporteurs pour briser le champs anti-Zords, et détruire la prison de Pine Ridge. Libérés, les Rangers parviennent à capturer Squillia, dans l'espoir d'obtenir des informations, en vain.

Après la libération de Pine Ridge, les Rangers partent aux quatre coins de la Terre pour faire fuir les troupes du Seigneur Zedd. Billy, de son côté, libère ses amis d'Angel Grove, et part s'occuper de Reefside.

En sortant de son café, Aiyon tombe nez-à-nez avec Mucus et Slyther, qui ont décidé de faire le bien. Ils les ramènent alors au QG de la Résistance dans l'espoir de les envoyer sur Eltar pour détruire la Statue Tricéra d'Ollie.

Lorsque Bajillia attaque pour récupérer sa fille, les Rangers l'arrêtent et la détruisent, ainsi que Squillia. Slyther peut alors prendre l'apparence de la fille de Bajillia afin d'infilter Calamar & Cie. Ensemble, ils font exploser la Statue d'Ollie, le libérant de l'emprise du poison du Seigneur Zedd.

Furieux d'avoir été trahi, le Seigneur Zedd retient Ollie, Mucus et Slyther prisonniers dans sa Forteresse. Il part mettre au point son plan de devenir l'être le plus puissant, avec Bajillia - qui a réussi à échapper à la mort.

Alors que les Rangers se rendent sur Eltar, Billy part retrouver son équipe pour les aider à mettre à l'abri des innocents extra-terrestres au sein de la ville de New Tech City.

Sur Eltar, les Rangers libèrent Ollie, Mucus et Slyther, mais tombent dans le piège de Bajillia, qui fait exploser la Forteresse. Protégés par Zayto et sa magie, les Rangers s'en sortent indemnes. Mais, Zayto est rappelé par la Grille. Refusant de voir son ami partir, Aiyon s'accroche à lui et tombe dans le coma.

Coincé dans un endroit étrange, Aiyon rencontre un être qui a l'apparence de Zayto, mais qui n'est pas son ami.

Ollie rejoint son ancienne équipe, avec de nouveaux pouvoirs. Ils affrontent le Maître Zedd, après qu'il ait absorbé l'énergie de tous les Maîtres Légendaires, faisant de lui l'être le plus puissant. Il détruit les Zords Cosmic Fury, et repousse facilement les attaques des Rangers.

Quand Bajillia et Scrozzle se retournent contre lui, Maître Zedd est enfermé dans le Maître de la Capture. Leur projet est de libérer l'énergie maléfique de Zedd dans l'univers pour effacer toute trace de bien.

Les Rangers récupèrent le tube d'énergie de Zedd, dans l'espoir de le faire exploser dans la Grille, pour éviter ses conséquences. Ils sont arrêtés par Bajillia qu'ils détruisent avec leur Blaster Cosmique. Puis, ils sont aidés par Zayto, devenu Maître Légendaire. Grâce à lui, les Rangers enferment le Seigneur Zedd dans une illusion sur Nibyro. Seul un coeur pur peut le libérer.

Les Maîtres Légendaires sont libérés et accueillient Zayto parmi eux. Les Rangers font leurs adieux à leur ami, qui rejoint la Grille de Transformation.

Après leur victoire, les Rangers assistent au concert de Javi pendant lequel Amélia apprend la naissance de sa petite soeur, Poppy. De son côté, Billy découvre qu'Aiyon pourrait avoir fait face à son mentor, Zordon.