En l'an 3000, une unité d'élite anti-criminels nommée Time Force traque le dernier fugitif connu, Ransik, qui a prévu de voyager dans le temps afin de régner sur le passé. Il est appréhendé par Alex, le Ranger Rouge, membre de la Time Force. Après un combat, Ransik est fait prisonnier et jugé coupable. Jen, Katie, Lucas et Trip, des opérateurs de la Time Force, sont chargés de le conduire jusqu'à la Cryo-Prison pour qu'il soit cryogéniser à vie. Sur leur chemin, ils sont attaqués par Nadira, la fille de Ransik, et son allié Frax, qui le libèrent. Les trois méchants font de la Cryo-Prison leur base d'opérations, afin de préparer leur départ pour le passé. Avant leur départ, ils sont interrompus par Alex, mais cette fois-ci le Ranger Rouge est battu et laissé pour mort. Ransik en profite pour s'enfuir dans le passé, avec Nadira, Frax et une armée de mutants criminels placés sous détention cryogénique.

Entre la vie et la mort, Alex ordonne à ses opérateurs de poursuivre Ransik. Jen, Katie, Trip et Lucas volent alors cinq Chrono Morphers et l'unique Appareil Intertemporel de la Time Force, afin de se rendre en l'an 2001 pour appréhender les mutants criminels. Ils découvrent que leurs Chrono Morphers ne pourront fonctionner que si quelqu'un utilise celui du Ranger Rouge, mais pour cela il faut que la personne possède le même ADN qu'Alex. Les Rangers rencontrent par hasard Wes, un ancêtre d'Alex, qui est volontaire pour devenir le Ranger Rouge. La nouvelle équipe de Rangers parvient à repousser les premières attaques de Ransik et son armée.

Lors de fouilles archéologiques, des scientifiques découvrent la Commande Quantum. Une organisation privée de défense nommée les Anges des Temps, fondée par le père de Wes, débarque sur les lieux pour protéger l'objet des forces de Ransik. La Commande tombe entre les mains d'Eric, un Ange des Temps solitaire et ambitieux, qui était le meilleur ami de Wes, bien que profondément envieux et jaloux de sa vie. Eric utilise les pouvoirs de la Commande Quantum, pour obtenir le Morpher Quantum et pour devenir le Quantum Ranger. Ainsi, il contrôle le puissant Quantasaurus Rex, ce qui impressionne Monsieur Collins qui le nomme chef des Anges des Temps.

En l'an 3000, Alex n'a pas succombé à ses blessures et se remet doucement. Il surveille les faits et gestes des Rangers en l'an 2001. Lorsque Frax relâche l'un de ses premiers robots, Alex envoie le Megazord Fantôme afin de venir en aide aux Rangers. Le second robot de Frax oblige Alex à se rendre directement en l'an 2001 afin de reprendre son rôle de Ranger Rouge. Déterminé à ce que le cours du temps reprenne sa route normale, Alex en oublie son humanité. Devant se résoudre au fait que l'équipe est plus forte sous le commandement de Wes, Alex lui rend son Chrono Morpher et repart en l'an 3000 pour continuer de surveiller ses opérationnels.

Grâce à leurs différentes aventures en l'an 2001, les Rangers se sont prouvés qu'ils pouvaient changer leur destin. Wes devait prendre la présidence de Bio-Lab après la mort de son père, mais il a choisi de se battre aux côtés de ses amis, et Monsieur Collins a survécu, sauvé à temps par Alex. Les Rangers ne devaient pas survivre à la bataille contre le dernier robot de Frax, Doomtron, mais Wes les a forcés à rentrer chez eux pour leur propre sécurité. Lorsque les Rangers, revenus en l'an 3000, apprennent que Wes n'a pas survécu à la bataille contre Doomtron, ils repartent immédiatement pour l'an 2001 afin de l'aider à sauver le futur.

Alors que la mission des Rangers touchait à sa fin, il ne leur restait plus qu'à capturer Ransik, Nadira, Frax et Gluto. Après avoir aidé une femme enceinte à accoucher, Nadira change d'avis sur les humains, et aimerait faire cesser la haine qui existe entre eux et les mutants. Mais Ransik n'est pas de cet avis. Il s'obstine et force Frax à combattre les Rangers à bord de Doomtron. Les Rangers détruisent le robot et Frax par la même occasion. Inquiet par la tournure des choses, Gluto se cryogénise lui-même. Alors, Ransik de s'en prendre lui-même aux Rangers. Têtu et déterminé, il ne remarque pas qu'il tire et blesse sa propre fille. C'est à ce moment-là que Ransik réalise que la haine doit cesser.

Ransik se rend aux Rangers de la Time Force. Alors Lucas, Trip, Katie et Jen repartent pour l'an 3000, accompagnés des mutants criminels qu'ils ont arrêtés. Avant de se séparer, Jen et Wes s'avouent leurs sentiments réciproques. Puis, Wes accepte de prendre le poste de chef des Anges des Temps, devenue une organisation de protection de la paix pour toute la ville, que lui offre son père, à la condition qu'Eric soit son co-équipier.