Après leurs activités sportives, Tori, Shane et Dustin partent ensemble rejoindre leur école, où ils sont en retard. Ils passent par une forêt où ils sont attaqués par plusieurs ninjas.

Ils revêtent alors leurs combinaisons de ninja, mais n'arrivent pas à se défendre. Devant leur défaite, leur Sensei apparaît et les rappelle à l'ordre : s'ils continuent à être en retard, ils seront banis de l'Ecole secrète de Ninjas.

Le lendemain, alors qu'une menace approche, Tori, Shane et Dustin décident de partir en avance pour ne pas être en retard. Mais, en chemin, ils s'arrêtent pour aider un couple de personnes âgées.

Pendant ce temps, l'Ecole secrète de Ninjas est attaquée par Lothor et son armée. Ils capturent les élèves Ninjas et détruisent l'Ecole. Même le Sensei ne peut rien pour arrêter Lothor.

Tori, Shane et Dustin arrivent après la bataille, et retrouvent Cam, le fils du Sensei, sous les décombres. Celui-ci les conduit dans une salle secrète où ils retrouvent le Sensei, transformé en hamster, suite à son combat contre Lothor.

Face à la menace de Lothor, le Sensei remet à Tori, Shane et Dustin les trois Morphers des Power Rangers, malgré le désaccord de Cam.

Après avoir surmonté les premières difficultés, les trois amis se transforment en Power Rangers et utilisent leurs Epées Ninjas puis leur Canon d'Energie pour détruire le monstre de Lothor.

De retour dans leur Quartier Général, le Sensei met en garde ses trois élèves car Lothor n'arrêtera pas tant qu'il n'aura pas le contrôle total de la planète.

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